دبیرخانه هیئت امنای دانشگاه قم نقش مهمی در هماهنگی دانشگاه با اعضای هیئت امنا و مرکز هیات امنای وزارت علوم، تحقیقات و فناوری دارد همچنین این دبیرخانه وظایف متعددی را بر عهده دارد که شامل موارد زیر می‌شود:
۱. برنامه‌ریزی و هماهنگی جلسات: این دبیرخانه مسئول جمع‌آوری دستور جلسات، مستندات، برنامه‌ریزی و برگزاری جلسات کمیسیون و جلسات هیئت امنا با هماهنگی مرکز هیئت امنای وزارت علوم است.
۲. همکاری با دیگر واحدهای دانشگاه: این دبیرخانه با معاونت‌ها و واحدهای تخصصی دانشگاه برای تهیه پیش‌نویس دستور جلسات و مستندات لازم، همکاری می‌کند.
۳. هماهنگی و ارتباط با سایر دانشگاه های عضو هیئت امنا برای دریافت نامه ها و دستورجلسات و مستندات مربوط به آنها برای طرح در جلسات کمیسیون یا هیئت امنا.
۴. پیگیری مصوبات: وظیفه پیگیری مصوبات هیئت امنا از مرکز هیئت امنای وزارت علوم و تهیه پیش نویس های ابلاغ صورتجلسات و پیگیری دریافت صورتجلسات توسط بخش های مربوطه بعهده این دبیرخانه است.
۵. مستندسازی و طبقه‌بندی اطلاعات: این دبیرخانه مسئول مستندسازی و طبقه‌بندی اطلاعات و صورتجلسات و آیین نامه های مرتبط با امور هیئت امنا است.
